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SKU とはStock Keeping Unit の略で、在庫管理システムでは管理すべき最小の単位となります。従ってSKU コードは全ての商品に対して完全にユニークであるのが一般的です。
今のところWelcart の在庫管理は簡易的なものなので、SKU は1商品内でユニークであれば問題はありません。